Celková situácia na východnom fronte
Septembrová ofenzíva Kolčakových armád na Sibíri ich postavenie nezlepšila. Kolchakiti získali iba priestor. Utrpeli však také straty, že ich už nedokázali v krátkom čase nahradiť. 3. biela armáda stratila iba za prvé dva týždne ofenzívy štvrtinu svojich síl. Takmer polovicu síl stratili rady najbojovejších divízií, ktoré na seba vzali boje najviac, podobne ako 4. divízia Ufa a Iževsk. Bezkrvné jednotky Kolchaka sotva dosiahli líniu Tobolu. Sibírsky kozácky zbor Ivanov-Rinov sa ukázal oveľa horšie, ako sa očakávalo. Kozáci boli tvrdohlaví, radšej konali vo vlastných záujmoch, a nie vo všeobecnosti. Všetky rezervy boli úplne vyčerpané. Koncom septembra 1919 bola na front poslaná posledná rezerva - iba 1,5 tisíc ľudí. Pokus o vyslanie čs. Národov na front zlyhal pre ich úplný rozklad a neochotu bojovať. Situácia vzadu bola strašná. Kolčakova vláda kontrolovala iba mestá a sibírsku železnicu (Česi si ponechali železnicu). V obci vládli povstalci a partizáni.
Nebolo možné zasadiť Červenej armáde rozhodujúci úder a získať čas. 3. a 5. červená armáda boli zakotvené na Tobolskej čiare a veľmi rýchlo sa spamätali z prvého neúspešného útoku na Petropavlovsk. Červené velenie, stranícke a sovietske organizácie vykonali v uralských mestách novú mobilizáciu. Vojenské komisariáty vyslali do divízie tisíce nových posíl. Len Čeľabinská provincia poskytla za 5. septembrový týždeň pre 5. armádu 24 -tisíc ľudí. 3. armáda prijala v polovici októbra 20 000 mužov. V frontových oblastiach sa uskutočňovala aj mobilizácia roľníkov a robotníkov. V tyle Červeného východného frontu sa vytvorili nové pluky, brigády a divízie. Predné armády dostali jednu pušku a jednu jazdeckú divíziu, 7 pevnostných plukov.
Do polovice októbra 1919 sa sila Červeného východného frontu zdvojnásobila. Červená armáda dostala chýbajúce zbrane a uniformy. Je pravda, že munície bol nedostatok. Sovietske jednotky odpočívali, zotavovali sa a boli pripravené na nové boje. Veľkosť 5. armády sa zvýšila na 37 tisíc bajonetov a šablí, so 135 delami, 575 a guľometmi, 2 obrnenými vlakmi („Red Sibiryak“a „Avenger“), 4 obrnenými vozidlami a 8 lietadlami. Tukhachevského armáda obsadila front 200 km od jazera Kara-Kamysh do Belozerskaya (40 km severne od Kurganu). Na severe operovala 3. armáda 31,5 tisíc bajonetov a šablí, 103 zbraní, 575 guľometov, obrnený vlak, 3 obrnené vozidlá a 11 lietadiel. Armáda Matiyasevicha obsadila front od Belozerskaya po Bachalin s dĺžkou asi 240 km. Červení mali výhodu v pracovnej sile, zbraniach a rezervách. V záložných plukoch dvoch armád, v pevnostných oblastiach Jekaterinburgu, Čeľabinska a Troitska, bolo 12 tisíc ľudí.
Proti 5. červenej armáde bola 3. biela armáda, stepná skupina a zvyšky orenburskej armády - spolu asi 32 tisíc bajonetov a šablí, 150 zbraní, 370 guľometov, 2 obrnené vlaky („Bully“a „Tagil“ ). Tieto jednotky boli konsolidované do „Moskovskej armádnej skupiny“pod velením generála Sacharova (v nádeji, že Denikinova armáda zachytí Moskvu). 2. a 1. biela armáda zasiahla proti 3. červenej armáde, spolu asi 29 tisíc bajonetov a šablí. V rezerve v prvej línii malo velenie Kolčak iba asi 3-4 000 ľudí. Kolchakiti mali výhodu iba v jazdectve.
Preto bola 3. a 5. armáda veľmi rýchlo obnovená na plnú bojaschopnosť. Využívajúc skutočnosť, že Kurgan s prechodmi cez Tobol a železničnú trať zostali v rukách červených, pochodujúce posily neustále smerovali na front, boli vytiahnuté nové jednotky. Červená armáda mala výhodu v počte a kvalite vojsk a ich morálka bola vysoká. Bieli boli napriek poslednému úspechu v Tobole demoralizovaní. Museli bojovať na dvoch frontoch: proti Červenej armáde a povstalcom. K tomu všetkému sa pridalo nedostatočné zásobovanie armády uniformami a muníciou. Používali sa uniformy prijaté v auguste - septembri 1919 zo zahraničia alebo boli vyplienené vzadu a nové ešte nedorazili. Preto sa ukázalo, že Kolchakiti mali v októbri zbrane a strelivo, ale cítili veľkú potrebu skvelých kabátov a obuvi. Medzitým sa začalo obdobie studených dažďov, zima sa blížila. To ešte viac podkopalo ducha Kolchakitov.
Biele velenie už nemalo rezervy, tie boli absorbované ofenzívou. Je pravda, že bieli sa sem tam pokúsili vytvoriť rôzne dobrovoľnícke formácie, „čaty“, aby obnovili dobrovoľnícky princíp. Počet takýchto jednotiek, ako napríklad ich bojová účinnosť, bol však zanedbateľný. „Skupiny“starých veriacich sa teda nedostali dopredu - časť z nich utiekla po ceste, zatiaľ čo druhý biely povel sa ich neodvážil poslať do prvej línie a nechal ich vzadu. Často to boli machinácie jednotlivých dobrodruhov, ktorí v čase problémov „chytali ryby“, teda „ovládali“peniaze a majetok.
Ešte pred začiatkom novej ofenzívy Červenej armády v Omskom smere prišli bieli o základňu na južnej Sibíri. Väčšinu Dutovovej armády Orenburg v septembri 1919 porazili vojská frontu Červeného Turkestanu pod velením Frunze pri Aktobe. Bieli kozáci kapitulovali, ostatní sa buď rozišli, alebo sa stiahli s atamanom Dutovom do oblasti Kokchetav-Akmolinsk, potom do Semirechye.
V tom istom období Anglicko a Francúzsko, uvedomujúc si márnosť režimu Kolchak, odmietli podporovať Omsk. Videli, že sa Kolčakova vláda vyčerpala. Británia a Francúzsko zintenzívňujú pomoc Poľsku, pretože v ňom vidia plnohodnotnú silu proti sovietskemu Rusku. USA a Japonsko naďalej poskytovali Kolchakovi pomoc pri udržaní pozícií na Sibíri a na Ďalekom východe. V októbri bolo teda z Ďalekého východu do Kolčakovho sídla odoslaných 50 tisíc pušiek. Rokovalo sa aj o dodávkach tankov. V Omsku sa navyše konali rokovania s Japoncami. Kolchakiti dúfali, že japonské divízie budú poslané na front. Japonci sľúbili posilnenie svojho vojenského kontingentu v Rusku.
Druhá bitka na Tobole
Napriek tomu, že postavenie kolčakských armád bolo žalostné, kolchacké velenie stále dúfalo, že bude pokračovať v ofenzíve. Červení však boli pred nepriateľom. 5. armáda zasadila hlavný úder v petropavlovskom smere. Za týmto účelom bola na pravom boku vytvorená úderná skupina troch divízií. Na juhu túto ofenzívu podporil úder 35. pešej divízie na Zverinogolovský trakt. Na ľavom krídle armády útočila 27. divízia. To znamená, že sa plánovalo vziať hlavné sily nepriateľa do kliešťov a zničiť ich. Na demoralizáciu tyla nepriateľa a rozvoj ofenzívy bolo plánované zavedenie jazdeckej divízie (viac ako 2, 5 tisíc šablí) do prielomu. O niekoľko dní neskôr sa 3. armáda mala začať pohybovať v smere Ishim.
Na úsvite 14. októbra 1919 začali rieku prechádzať jednotky 5. armády. Tobol. Kolchakiti spočiatku kládli tvrdohlavý odpor. Na niektorých miestach dokonca biela garda odrazila prvé útoky a vrhla sovietske vojská späť na pravý breh Tobolu. Bieli kládli obzvlášť prudký odpor na železničnú trať a severne od nej. Nachádzali sa tu dva pancierové vlaky a väčšina delostrelectva. Už v prvý deň ofenzívy však Tukhachevského armáda prekročila rieku a obsadila významné predmostie. Biele velenie sa pokúsilo zastaviť ofenzívu nepriateľa, vrhlo najlepšie jednotky do boja. Protiútok spôsobila izhevská divízia, ktorá bola považovaná za najlepšiu v Kolčakovej armáde, podporovala ju 11. uralská divízia a väčšina armádneho delostrelectva. Protiútok bol ale odrazený, Iževská divízia bola dokonca obkľúčená a len za cenu ťažkých strát prerazila na východ. 18. októbra bieli zorganizovali ďalší protiútok, ktorý bol však odrazený.
5. armáda teda opäť úspešne prekročila rieku. Tobol, udierajúci pravým bokom, aby zakryl správy bielych vojsk z juhu. Biele velenie sa márne pokúšalo zastaviť obopínajúci postup pravého boku 5. armády (35. a 5. pešia divízia), pokúšajúc sa preskupiť smerom k jeho ľavému boku a zoradiť front dopredu na juh. Toto preskupenie však bolo neskoro a Biele gardy boli nútené rýchlo sa stiahnuť za rieku. Ishim.
V dňoch 19. - 20. októbra 1919 zahájila 3. červená armáda ofenzívu. Jeho 30. divízia na pravom boku postupovala na Ishim a pomohla 5. armáde zlomiť odpor severného krídla 3. bielej armády. Biely front bol prelomený a Kolchakiti ustupovali všade. Miestami sa ústup zmenil na let, sovietske divízie sa rýchlo presunuli na východ. Celé nepriateľské jednotky sa vzdali alebo prešli na stranu červených. Pluk karpatských Rusínov teda prešiel na stranu červených. Kolčakova armáda sa rozpadala. Mobilizovaní vojaci utiekli do svojich domovov, vzdali sa a prešli na stranu červených. Časť vojakov zabil týfus. Kozáci, bez zapojenia sa do bitky, sa rozišli do dedín. Za dva týždne ofenzívy postúpila Červená armáda 250 km. 22. októbra si Červení vzali Tobolsk.
Oslobodenie Petropavlovska
Vrchný veliteľ bielej armády generál Dieterichs, nevidiac príležitosť zachrániť hlavné mesto, 24. októbra nariadil evakuáciu Omska. 4. novembra bol odvolaný a na jeho miesto bol menovaný generál Sacharov. Po porážke medzi Tobolom a Išimom biele velenie stiahlo zvyšky vojsk za rieku. Ishim v nádeji, že tu vytvorí novú obrannú líniu a pokúsi sa zastaviť nepriateľskú ofenzívu. Pluky 1. armády boli poslané na obnovu a doplnenie do tyla, do oblasti Novonikoljevsk-Tomsk.
Koncom októbra 1919 vstúpili postupujúce jednotky sovietskych armád do rieky Ishim. V pohybe bolo potrebné, kým sa nepriateľ spamätal, prekročiť rieku a oslobodiť mestá Petropavlovsk a Ishim. Do Petropavlovska sa ako prvé dostali tri pluky 35. streleckej divízie. Večer 29. októbra sa Červení priblížili k mostu cez Ishim. Bieli most podpálili, ale červenoarmejcom sa ho podarilo uhasiť. Rýchlo prekročili rieku a odhodili nepriateľskú obrazovku do mesta. Ráno 30. októbra boli všetky tri sovietske pluky v Petropavlovsku. Ľudia z Kolchaku sa však držali časti mesta. Biele gardy vytiahli jednotky a podnikli protiútok. Kolchakiti zorganizovali 14 útokov, ale boli odrazení. Na druhý deň sa White opäť pokúsil zraziť nepriateľa z mesta, ale neúspešne. 1. novembra, keď prišli na pomoc nové sovietske jednotky, Červení obnovili ofenzívu a úplne oslobodili Petropavlovsk. V meste boli zachytené významné trofeje.
4. novembra jednotky 5. armády oslobodili Išim. Po páde Petropavlovska a Išimu začali Kolchakiti uponáhľaný ústup do Omska. Časť Kolčakových vojsk na južnom boku vedená Dutovom odišla na juh, do oblasti Kokchetav. Bitka medzi Tobolskom a Petrom a Pavlom bola poslednou fázou organizovaného a vážneho odporu kolčakskej armády. Biele gardy boli porazené a utrpeli ťažké straty. Iba 3. biela armáda stratila od 14. do 31. októbra asi 13 tisíc mŕtvych, zranených a zajatých, tisíce vojakov a kozákov utiekli do svojich domovov.
Úspešná ofenzíva červených armád východného frontu mala veľký význam pre celkovú strategickú situáciu. Začalo sa to v rozhodujúcom momente bitky na južnom fronte, keď bola Denikinova armáda na okraji Tuly. Úspechy na východe krajiny umožnili novembrovému sovietskemu veleniu stiahnuť časť síl z východného frontu a poslať ich na juh za konečnou porážkou bielych armád na juhu Ruska.
Sovietske jednotky pokračovali vo svojej ofenzíve bez prestávky. V hlavnom smere sa po železnici Petropavlovsk-Omsk pohybovali tri divízie 5. armády. Na prenasledovanie Dutovovej skupiny na južnom boku bola vyčlenená špeciálna skupina vojsk ako súčasť 54. puškovej divízie a jazdeckej divízie. Začala útok na Kokchetav. 30. pešia divízia 3. armády postupovala po trati železnice Ishim - Omsk. V údolí rieky Irtyš proti prúdu do Omska postupovala 51. divízia. 5. a 29. strelecká divízia boli stiahnuté do prednej rezervy.