Smrť falošného Dmitrija nezastavila problémy. Občianska vojna pokračovala, zahŕňala nové krajiny, objavili sa noví podvodníci. V prvom mesiaci svojej vlády musel Vasilij Shuisky potlačiť niekoľko pokusov o vystúpenia moskovských mestských nižších tried. V Moskve sa obávali, že poľský kráľ Žigmund začne vojnu o zvrhnutie podvodníka a bitie Poliakov. Z niekoľkých tisíc poľských hostí a žoldnierov Falošného Dmitrija, ktorí prežili májové povstanie v Moskve, boli preto prepustení iba obyčajní občania a šľachtickí ľudia boli ponechaní ako rukojemníci, ktorí dostali dobrú údržbu a boli distribuovaní pod dohľadom v rôznych mestách. Shuisky porušil diplomatickú etiketu a dokonca zadržal Gonsevského poľské veľvyslanectvo v Moskve.
Tieto obavy však boli márne. Samotné Poľsko to malo ťažké. Poliaci začali vojnu so Švédskom a dobyli od nej v Livónsku mesto Pernov (Pärnu). Záporožskí kozáci na čele s hejtmanom Sagaidachnym okrem toho podnikli niekoľko úspešných nájazdov a vyplienili Kafu a Varnu. To Osmanov rozhnevalo a vyhlásili vojnu Spoločenstva. Je pravda, že hlavné sily tureckej armády boli spojené s vojnou s Perziou a pomocné jednotky boli vyslané proti Poľsku a Poliaci útok odrazili. V samotnom Poľsku vyvolali rozruch niektorí magnáti nespokojní s politikou kráľa. Krajinu zachvátila občianska vojna. Poliaci preto nemali na Moskvu čas.
Moskva teda prehliadla vážnejšiu hrozbu - vnútornú. Koniec koncov, problémy, ktoré spôsobili problémy, neboli vyriešené. A vonkajšia hrozba hrala dôležitú, ale nie hlavnú úlohu. Provincia bola pobúrená: Boyar Duma si zvolila cára bez potrebnej podpory všetkých krajín. Ukázalo sa, že bojari zabili „dobrého cára“a chopili sa moci, pričom trón odovzdali „cárovi cárovi“. Provincia začala vrieť: hľadaný výraz pre utečencov sa zvýšil na 15 rokov; vojaci si spomenuli na veľkorysé ceny Falošného Dmitrija; obyvatelia juhu sa obávali represálií a teroru (ako za Godunova) za pomoc podvodníkovi; starosti s kozákmi, ktorí klamára aktívne podporovali; Shuisky sa zbavil priaznivcov Falošného Dmitrija a poslal ich preč z hlavného mesta, mnohých poslali do južných pohraničí.
V lete 1606 zachvátili spontánny povstania celý juh krajiny, ktorý bol rozrušený zvesťami o „záchrane dobrého cára Dmitrija“. Centrom boja proti novému kráľovi v Severnej krajine bolo „hlavné mesto“prvého podvodníka - Putivla. Tu si povstaleckí mešťania, roľníci, vybrali za „veľkého veliteľa“Ivana Bolotnikova, ktorý k nim prišiel s odstupom. Ivan Bolotnikov, podľa najrozšírenejšej verzie, bol poddaným princa Telyatevského. V mladosti utiekol pred svojim pánom na step ku kozákom, tu ho zajali Tatári a predali do otroctva Turkom. Niekoľko rokov strávil v otroctve, na galejách ako veslár. Po neúspešnej námornej bitke s kresťanskými loďami o Turkov bol prepustený a zamieril do Benátok, kde žil v nemeckej obchodnej štvrti. Odtiaľ, keď si Bolotnikov vypočul príbehy o začiatku problémov v ruskom štáte, presťahoval sa cez Nemecko a Poľsko do Ruska. Chýr o „zázračnej záchrane“moskovského cára Dmitrija pritiahol Ivana k Samborovi, kde sa moskovský utečenec Michail Molchanov, bývalý spojenec falošného Dmitrija I. Molchanova, ukrýval so svojou manželkou Jurijom Mnishekom Yadvigom a predstavil sa ako kráľ. Tento dobrodruh sa predstavil Bolotnikovovi ako cárovi, ktorý utiekol po májovom prevrate v Moskve. Nový podvodník dlho hovoril s Bolotnikovom a potom mu doručil list kniežaťu Grigorijovi Šachovskému a poslal ho do Putivlu ako svojho osobného emisára a „veľkého vojvoda“.
V skutočnosti občianska vojna vstúpila do aktívnej fázy. Bolotnikovova armáda zahŕňala hlavné majetky a sociálne skupiny ruského štátu: roľníkov a otrokov, Severska, Tereka, Volgu a Záporožských kozákov, predstaviteľov šľachty. Povstanie navyše podporili predstavitelia aristokracie, medzi nimi princ Grigory Shakhovsky a Černigovský vojvoda Andrej Telyatevskij, bývalý majiteľ Bolotnikova.
V lete 1606 bolo 30 tis. Bolotnikovova armáda sa presťahovala do Moskvy. Dobyté boli pevnosti Kromy a Yelets, ktorých bohatý arzenál doplnil zásoby povstalcov. Vládne jednotky pod velením guvernérov kniežat Vorotynského a Trubetskoya boli porazené pri Kromy a Jelete. Mnoho vojakov z cárskych vojsk prešlo na stranu povstalcov. Vzbúrenci, ktorí využili chyby cárskych guvernérov, rýchlo postupovali smerom k Moskve. Do armády Bolotnikova sa vlievalo stále viac oddielov odbojných roľníkov. Na ceste do Moskvy sa navyše k Bolotnikovovi pripojili veľké oddiely služobných šľachticov, ktorí boli proti cárovi bojarovi Shuiskymu. Starší ryazanský guvernér Prokopy Lyapunov a mladší - Grigory Sumbulov viedli ryazanskú milíciu, streltsy centurion Istoma Pashkov - veľký oddiel služobných ľudí. Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimir a Astrachaň sa vzbúrili. Na Volge sa Mordovci a Mari (Cheremis) vzbúrili a obkľúčili Nižný Novgorod.
Rebeli na ceste do Moskvy sa priblížili ku Kolomne. V októbri 1606 bol Posad Kolomna napadnutý, ale Kremeľ naďalej odolával. Bolotnikov zanechal malú časť svojich síl v Kolomne a zamieril po ceste Kolomna do Moskvy. V obci Troitskoye, okres Kolomensky, sa mu podarilo poraziť vládne jednotky. 22. októbra bola Bolotnikovova armáda umiestnená v dedine Kolomenskoye neďaleko Moskvy. Tu postavil väzenie (pevnosť) a začal posielať listy do Moskvy a rôznych miest, pričom vyzýval na podporu legitímneho panovníka Dmitrija Ivanoviča a vzbudzoval znevýhodnených a chudobných proti bohatým. "Všetci, bojarskí otroci, porazte svojich bojarov, vezmite im manželky a všetok majetok, majetky a majetky!" Budete šľachetní ľudia a vy, ktorí vás nazývali špiónmi a bezmennými, zabíjate hostí a obchodníkov, rozdeľujete si medzi seba brucho! Boli ste poslední - teraz budete dostávať bojary, nevychovanosť, vojvodstvo! Pobozkaj všetok kríž zákonitému panovníkovi Dmitrijovi Ivanovičovi! " Cestu Bolotnikovových vojsk preto sprevádzali hrozné pogromy, ľudia na teror reagovali hrôzou, bojovali, ako keby sa okolo nachádzali cudzí ľudia (podobne postupovali aj cárske vojská na územiach zachvátených povstaniami).
Bolotnikovove milície sa stále rozrastali, vyčnievali z neho oddelené oddiely hlavne od otrokov, ktorí svojimi nájazdmi a lúpežami udržiavali hlavné mesto v stave obkľúčenia. V novembri sa k Bolotnikovovi pripojili kozáci z Ileiky Muromets. Bol to ďalší podvodník, vydávajúci sa za cárovského Petra Fjodoroviča, ktorý v skutočnosti nikdy neexistoval ako syn cára Fjodora I. Ivanoviča. Moskovčania už boli pripravení poslúchnuť Bolotnikova a žiadali, aby im ukázal iba Tsarevich Dmitrij, a dokonca s ním začali rokovania. Potešený Bolotnikov poslal poslov do Putivla. Nech sa „cár“dostaví skôr, víťazstvo je blízko. Dmitrij sa však nikdy neukázal. Mnohí začali vyjadrovať pochybnosti o existencii Dmitrija a prešli na stranu Shuisky.
Shuisky medzitým nesedel a aktívne sa pripravoval na protiútok. Predmestia a osady v Moskve boli opevnené. Vojská guvernérov Skopin-Shuisky, Golitsyn a Tatev sa usadili pri bráne Serpukhov, odkiaľ sledovali nepriateľský tábor. Komunikácia bola nadviazaná medzi Moskvou a okolitými mestami, vojská strážili cesty. V novembri dorazili posily z Tveru a Smolenska, ktoré boli z veľkej časti tvorené šľachticmi a mešťanmi. Shuisky zároveň aktívne vyjednával so vznešenou časťou povstaleckého tábora. Lyapunovci a Paškov nenávideli Shuiskyho, ale báli sa výtržností „besnoty“.
Bolotnikovova armáda sa rozrástla na 100 tisíc ľudí (jeho vojská operovali na rozsiahlom území), ale jeho bojové vlastnosti upadli. Medzi rebelmi bolo veľa otrokov, vagabundov, roľníkov, ktorí nemali bojové skúsenosti, boli slabo vyzbrojení a organizovaní. Kozáci a šľachtici - dve bojové jadrá armády, boli opovrhovaní. Aj oni sa však postavili proti sebe. V dôsledku toho došlo k rozkolu v armáde Bolotnikov: jeden tábor tvorili šľachtici a bojarské deti, druhý - otroci, kozáci a ďalší ľudia. Ten mal za vodcov Ivana Bolotnikova, prvý - Istomu Paškova a bratov Lyapunovcov. Medzi vodcami došlo k nezhodám, v dôsledku čoho najskôr Lyapunovci a potom Istoma Pashkov prešli na stranu Shuisky. Shuisky medzitým Moskvu dôkladne opevnil a z milícií iných miest vytvoril novú armádu. Shuisky navyše nalákal mnoho šľachticov z tábora Bolotnikov, sľúbil im odmenu a hodnosti.
Bolotnikov, ktorý videl, že sa situácia zhoršuje a Shuiskyho sily rastú, sa rozhodol zaútočiť. 26. novembra sa pokúsil dobyť kláštor Simonov, ale bol porazený cárskymi vojskami pod velením mladého a talentovaného veliteľa, synovca cára Michaila Skopina-Shuiskyho. V rozhodujúcom okamihu bitky opustilo tábor povstalcov veľké šľachtické oddelenie Paškova, čo rozhodlo o výsledku bitky v prospech cárskeho vojska. Bolotnikovove jednotky boli zakotvené v tábore Kolomna. Skopin-Shuisky obkľúčil Bolotnikovcov a začal strieľať. Cár Vasilij sa pokúsil dohodnúť so samotným Bolotnikovom, sľúbil vysokú hodnosť, ale vodca povstalcov odmietol ísť do mieru. Po troch dňoch delostreleckej paľby Bolotnikovova pestrá armáda to nevydržala a dala sa na útek. Časť kozákov sa zmocnila dediny Zaborie, kde 2. decembra boli povstalci opäť porazení. Kozáci Atamana Bezzubtseva prešli na stranu Skopin-Shuisky. Cár Vasilij im odpustil. Ostatní zajatci zajatí v bitke alebo počas letu boli obesení alebo omráčení palicami, utopení. Bolotnikov utiekol do Serpukhova a potom Kaluga a Ileika Muromets šli do Tuly.
Rebeli teda nikdy neboli schopní vziať hlavné mesto. V rozhodujúcej bitke boli Bolotnikoviti porazení cárskymi vojvodmi, čo bolo uľahčené zradou šľachtických jednotiek, ktoré prešli na stranu cára Vasilija Shuiskyho.
V Kaluge zhromaždil Bolotnikov asi 10 tisíc ľudí. Bol obkľúčený cárskymi vojskami. Hlavným veliteľom však bol talentovaný brat cára Ivana Shuiskyho. Výsledkom bolo, že obliehanie Kalugy trvalo od decembra 1606 do mája 1607. Povstalci sa šikovne a zúfalo bránili, odrazili útoky, robili odvážne výpady a spôsobili cárskym vojskám veľké škody. Cárski guvernéri sa rozhodli drevenú pevnosť spáliť a po zmobilizovaní okolitých roľníkov začali dodávať palivové drevo, ktorým obkladali múry. Rebeli však tento plán uhádli a vyhodili do vzduchu „zametanie“, pričom zabili a zmrzačili veľký počet cárskych bojovníkov. V tomto čase sa ďalší rebeli pokúsili odblokovať Kalugu, ale boli porazení. Oddelenie Mezetského, ktoré Šachovskij poslal z Putivla na záchranu Bolotnikova, bolo porazené armádou Ivana Romanova na rieke. Vyrke.
Neskôr sa vojská Telyatevského a Pseudo-Petra pokúsili preraziť k Bolotnikovovi. 1. mája 1607 porazili donskí a ukrajinskí kozáci cárske vojská na rieke Pchelna. Bolotnikov využil zmätok medzi obkľučovacou armádou a urobil výpad a porazil cárskych guvernérov, ktorí ustúpili a opustili delostrelectvo a batožinový vlak. Časť cárskych vojsk prešla na stranu povstalcov. Len Skopin-Shuiskyho pluk sa stiahol v úplnom poriadku. Potom sa Bolotnikov presťahoval do Tuly, kde bola silnejšia kamenná pevnosť, a spojil sa s ostatnými povstaleckými oddielmi.
Potom Bolotnikov zahájil 2. kampaň proti Moskve. Cár Vasilij však nečinne sedel. Bola ohlásená mobilizácia „tribute“ľudí („tribute“- bojovníci povolaní z radov mešťanov a roľníckych komunít) v celej krajine a osobne viedol veľkú armádu, ktorá sa formovala v Serpuchove. Stredy povstania postupne drvili. Výtržníkov vyhnali späť z Nižného Novgorodu. A. Golitsyn porazil Telyatevského pri Kashire. Zjavenie sa neznámeho Petra namiesto očakávaného „dobrého cára“Dmitrija, ktorý rozpútal teror proti odporcom, mnohých ochladil, povstalecké mestá sa upokojili a priniesli vyznanie. V máji sa cárska armáda presunula k rebelom. Kampane sa zúčastnil samotný cár a jednotlivým plukom velili Michail Skopin-Shuisky, Peter Urusov, Ivan Shuisky, Michail Turenin, Andrei Golitsyn, Prokopy Lyapunov a Fjodor Bulgakov.
Bolotnikoviti sa pokúsili obísť hlavné sily cárskej armády a odísť do Moskvy, ale keď obišli Kashiru, rebeli sa stretli s bokom cárskej armády pri rieke Vosma. 5.-7. júna 1607 sa odohrala bitka. Bolotnikoviti mali výhodu v sile - 30-38 tisíc vojakov. Guvernér Tuly však zradil Bolotnikova a so 4 tis. oddelenie prešlo na stranu cárskych vojsk. A Lyapunovove oddiely Ryazan prešli do zadnej časti Bolotnikovovej armády. To medzi Bolotnikovitmi vyvolalo paniku a oni sa stiahli. Časť Bolotnikovových vojsk bola odrezaná a zajatá, väzni boli popravení. Po bitke pri Vosemsku bola Bolotnikovova armáda odvezená späť do Tuly.
Cár Vasilij Shuisky poslal pre Bolotnikov niekoľko plukov na čele s Michailom Skopinom-Shuiským. Na okraji Tuly sa Bolotnikov rozhodol bojovať na rieke Voronya, rebeli sa uzavreli päsťami a na dlhý čas odrazili nápor cárskej jazdy. Obe strany utrpeli ťažké straty. Lukostrelci však urobili manéver na kruhovom objazde, Bolotnikoviti kmitali a utekali, mnohí boli počas prenasledovania zabití. Bolotnikov stratil v týchto bitkách polovicu svojich vojakov - asi 20 tisíc ľudí. So zvyškom sa zamkol v Tule. Bolotnikov teda utrpel rozhodujúcu porážku a stratil strategickú iniciatívu.
30. júna sa k Tule priblížil samotný cár Vasilij s hlavnou armádou. Súčasníci uviedli, že cárska armáda mala 100-150 tisíc ľudí. Bolotnikovovi a „Tsarevičovi Petrovi“nezostalo viac ako 20 tisíc ľudí. Obliehacie zbrane začali ostreľovať mesto z oboch brehov. Tula však mala silné opevnenie a Bolotnikovovi zostalo to najefektívnejšie jadro povstalcov. Preto obliehanie vydržalo až do októbra 1607. V počiatočných fázach obliehania obrancovia mesta robili výpady a odvážne bránili. Všetky pokusy cárskych guvernérov zmocniť sa mesta útokom sa ukázali ako neúspešné.
Potom sa cárske jednotky na základe myšlienky Muromovho syna bojara Ivana Krovkova rozhodli zablokovať rieku Upu pod mestom priehradou, aby bola Tula zaplavená. Na pravom bažinatom brehu bola postavená asi pol míľová priehrada, ktorá mala zabrániť tomu, aby sa rieka počas jesennej povodne nedostala do nížin, ale aby spôsobila prudký vzostup hladiny. Jesenná povodeň skutočne úplne odrezala mesto od okolitého sveta a zmenila ho na močaristý ostrov uprostred úplne zaplavenej nížiny. Mnoho munície bolo poškodených, rovnako ako zásoby obilia a soli uložené v pivniciach. V Tule sa čoskoro začal strašný hladomor a epidémia, ktoré ešte viac prehĺbili vnútorné rozpory medzi povstalcami. Rebeli sa pokúsili vyhodiť do vzduchu priehradu, ale ten istý Kravkov varoval Shuiskyho a pokus zlyhal.
Bolotnikov počas obliehania poslal poslov k Michailovi Molchanovovi a Grigorijovi Šachovskému viackrát, ale neúspešne. A cár Vasilij stál pred novou hrozbou. Objavil sa nový podvodník - falošný Dmitrij II., Ktorému sa už podarilo zmocniť sa Severschchiny, Brjanska a Verchovskej krajiny. Bolotnikovovi bolo ponúknuté rokovanie o podmienkach kapitulácie mesta. Shuisky sľúbil, že zachová slobodu pre vodcov a účastníkov povstania. Dosiahnutá dohoda bola spečatená slávnostnou prísahou a 10. októbra 1607 Tula otvorila brány cárskej armáde.
Cár Vasilij oklamal vodcov povstania. Shuisky sa ponáhľal oznámiť, že odpustenie sa týka iba bežných „väzňov Tuly“, a nie vodcov povstania. Tulyakovia boli skutočne omilostení, vzpurní šľachtici vyviazli s vyhnancami. Shakhovsky bol tonzúrovaný mníchom. „Tsarevich Peter“bol obesený. Bolotnikov bol poslaný do Kargopolu a tajne sa utopil. Do miest bolo poslaných mnoho bežných rebelov a tí, ktorí skončili v Moskve, bez hluku a prachu, boli uškrtení.
Preto moskovská vláda roľnícku vojnu uhasila, zmobilizovala prakticky všetky rezervy a terorom reagovala terorom. Shuisky, ktorý rozpustil väčšinu armády a myslel si, že nepokoje sa blížia ku koncu, sa však prepočítal. Všetko sa len začínalo. Objavil sa druhý falošný Dmitrij, ku ktorému sa pridali zvyšky bolotnikovitov. Poľsko sa opäť stalo aktívnym.
