Hneď ako Ukrajina v procese rozpadu Sovietskeho zväzu vyhlásila nezávislosť, okamžite vyvstala otázka o ďalšom vlastníctve čiernomorskej flotily námorníctva ZSSR - jednej z strategicky najdôležitejších flotíl, ktorá pokrývala južnú hranice ZSSR z mora a bol schopný v prípade potreby vstúpiť do Stredozemného mora.
Niekoľko mesiacov pred oficiálnym ukončením existencie ZSSR prijal Najvyšší soviet Ukrajinskej SSR „Akt o vyhlásení nezávislosti“, po ktorom republikové vedenie začalo vytvárať inštitúcie suverénneho štátu vrátane ozbrojených síl.
24. augusta 1991 boli na území Ukrajinskej SSR umiestnené všetky ozbrojené útvary sovietskej armády a námorníctva, vnútorné jednotky Ministerstva vnútra ZSSR a pohraničné jednotky KGB ZSSR, vrátane Krym, boli preradení k Najvyššiemu sovietu Ukrajiny. V októbri 1991 Najvyšší soviet Ukrajiny rozhodol o podriadení čiernomorskej flotily námorníctva ZSSR Ukrajine.
Čiernomorská flotila mala medzitým štatút operačno-strategického združenia, čo znamenalo zachovanie jej organizačnej štruktúry a jednoty. V súlade s dohodou hláv členských štátov SNŠ, podpísanou 30. decembra 1991 v Minsku, všetky krajiny, ktoré vstúpili do SNŠ, získali právo na vytvorenie vlastných ozbrojených síl. Strategické sily vrátane čiernomorskej flotily však mali zostať pod jednotným velením generálneho velenia ozbrojených síl SNŠ, vytvoreného s cieľom nahradiť zrušené ministerstvo obrany ZSSR.
Kyjev mal však s Čiernomorskou flotilou iné plány. Novo razení vodcovia nezávislej Ukrajiny túžili získať vlastnú čiernomorskú flotilu, čo bolo možné iba vtedy, ak sa zohľadnilo rozdelenie lodí, personálu a majetku čiernomorskej flotily ZSSR. A napriek existencii dohody v Minsku sa ukrajinské vedenie už na jeseň roku 1991 pustilo do kurzu rozdelenia čiernomorskej flotily a vytvorenia vlastných námorných síl Ukrajiny. Prirodzene, takáto pozícia sa nemohla stretnúť s negatívnou reakciou nielen z Moskvy, ale aj väčšiny personálu čiernomorskej flotily námorníctva, ako aj obyvateľov jej hlavnej základne, hrdinského mesta Sevastopol, spojený s flotilou.
Situácia okolo čiernomorskej flotily sa zahrievala. 5. apríla 1992 prezident Ukrajiny Leonid Kravchuk podpísal osobitný dekrét „O prevode čiernomorskej flotily do administratívnej podriadenosti ministerstva obrany Ukrajiny“. Ruský prezident Boris Jeľcin reagoval na tento dekrét svojho ukrajinského kolegu svojim výnosom „O presune čiernomorskej flotily do jurisdikcie Ruskej federácie“, podpísaným 7. apríla 1992. V tom čase však konfrontácia medzi týmito dvoma štátmi nepresiahla vyhlášky. Prezidenti Ruska a Ukrajiny sa stretli v Dagomys a po stretnutí sa rozhodli zrušiť svoje dekréty. Pokračovali rokovania o osude Čiernomorskej flotily a perspektívach jej rozdelenia medzi Rusko a Ukrajinu.
Neistota ohľadom stavu čiernomorskej flotily situáciu len skomplikovala. Napriek tomu, že sa vedúci predstavitelia oboch štátov dohodli na začatí postupného formovania dvoch flotíl na základe bývalej čiernomorskej flotily námorníctva ZSSR - ruského a ukrajinského námorníctva, Kyjev sa zo všetkých síl pokúšal dostať vlastní väčšinu zbraní a majetku čiernomorskej flotily. Nové ukrajinské orgány zároveň nezastavili všetky druhy provokácií proti námorníkom Čiernomorskej flotily na Kryme a (najmä) v Nikolaeve a Odese.
V roku 1992 sa Ukrajina pokúsila zmocniť sa novovybudovanej lietadlovej lode admirála Kuznecova. V tom čase bol súčasťou čiernomorskej flotily, ale pripravoval sa na nadchádzajúci prechod na severnú flotilu ruského námorníctva. Kyjev sa tomu rozhodol zabrániť, keď sníval o vlastnej lietadlovej lodi. Napriek tomu, že Ukrajina nemala a nemohla mať prístup k oceánskym oblastiam, ambiciózni ukrajinskí nacionalisti sa rozhodli, že krajina si musí definitívne zaobstarať vlastnú lietadlovú loď.
Ale ak boli nacionalisti plní ambicióznych plánov, potom sa administratíva ukrajinského prezidenta Kravčuka pozerala na veci realistickejšie. S najväčšou pravdepodobnosťou by „admirál Kuznecov“, ak by sa v tom čase dostal do rúk Ukrajincom, čoskoro predal napríklad tretiemu štátu - Číne alebo Indii. Prezident Leonid Kravchuk zaslal veliteľovi lietadlovej lode „admirálovi Kuznecovovi“špeciálny telegram, že loď je odteraz majetkom ukrajinského štátu. Veliteľ lietadlovej lode aj dôstojníci posádky sa však ukázali byť zásadoví a vlasteneckí ľudia.
Pod vedením prvého zástupcu veliteľa severnej flotily viceadmirála Yu. G. Ustimenko zahájil špeciálnu operáciu na premiestnenie lode. V noci, bez akýchkoľvek signálov, lietadlová loď „Admirál Kuznecov“opustila Sevastopoľ a zamierila k Bosporu, pričom ho prešla bez povinnej žiadosti tureckého velenia. Po 27 dňoch kríženia bol vo Vidyaeve slávnostne uvítaný lietadlový dopravca, ktorému sa podarilo vyhnúť sa žalostnému osudu presunu na Ukrajinu.
13. marca 1992 došlo k ďalšej provokácii. Zástupca veliteľa ponorkovej divízie čiernomorskej flotily kapitán 1. hodnosti Lupakov a asistent veliteľa pre prácu s personálom ponorky B-871 nadporučík Petrenko, ktorý prešiel na stranu ukrajinského námorníctva, sa pokúsil zorganizovať ukrajinskú prísahu vernosti posádky ponorky B-871. Asi o 19:00 hod. Dorazili Lupakov a Petrenko k mólu ponorkovej brigády v južnom zálive Sevastopoľ a rozkázali ukrajinským vojakom, aby sa zhromaždili na ponorke a odniesli veci veliteľovi lode. Ponorkoví dôstojníci a pomocní dôstojníci boli pozvaní „na vážny rozhovor“.
Nikto z personálu člna nevedel, že sa pokúša zložiť ukrajinskú prísahu. Lupakov po zhromaždení personálu lode prečítal text ukrajinskej prísahy. Pod prísahu však podpísali iba piati dôstojníci a iba jeden námorník ponorky. Starší asistent veliteľa lode, kapitán 3. pozície Leukhin, bol zámerne odstránený z komunikácie s pobrežím, aby nemohol zasahovať do nadávky.
Námorníci však povedali svoje vážne slovo. A. N. Zayats a M. N. Abdullin sa zapečatil vo štvrtom oddelení člna, vypol ventiláciu batérie a pohrozil, že ak nedôjde k zastaveniu nezákonného konania Lupakova zloženia ukrajinskej prísahy, loď vyhodí do vzduchu. Potom sa k nim pridali ostatní námorníci lode. V dôsledku toho bol kapitán 1. triedy Lupakov nútený hanebne utiecť z ponorky. Myšlienka nadávať v posádke člna úplne zlyhala.
Jednou z najznámejších provokácií ukrajinských úradov bolo zabavenie 318. práporu záložných lodí Čiernomorskej flotily, ktorý mal sídlo v odesskom prístave. V noci z 10. na 11. apríla 1994 dorazila 160-členná jednotka Bolgradskej výsadkovej divízie Ozbrojených síl Ukrajiny na miesto 318. divízie záložných lodí Čiernomorskej flotily. Ukrajinskí výsadkári boli vyzbrojení automatickými zbraňami a bojovými granátmi. Zatkli vojakov v službe v prápore vrátane veliteľa práporu, kapitána 1. hodnosti Olega Ivanoviča Feoktistovova. Ukrajinská armáda požadovala, aby dôstojníci a práporčíci divízie ležali na zemi pod hrozbou použitia zbraní.
Vojaci ozbrojených síl Ukrajiny „prišli“do miestností, kde bývalo asi desať rodín dôstojníkov a práporčíkov divízie. Napadnuté boli aj ženy a deti, napríklad na zem bol položený aj dvanásťročný syn veliteľa práporu Feoktistovova, ktorý hrozil guľometom. Pátranie pokračovalo tri hodiny v priestoroch divízie, čo bolo v skutočnosti skôr psychickým nátlakom a úplnou lúpežou. Neskôr sa ukázalo, že počas prehliadky opravári a ich rodinní príslušníci prišli o peniaze, zlaté veci, jedlo z chladničiek.
O druhej hodine ráno boli námorníci práporu odvezení na vozidlách KamAZ na miesto ukrajinského vojenského mesta „Černomorskoe“a dôstojníci a práporčíci boli ponechaní na základni práporu. Ráno dostali dôstojníci a práporčíci tri minúty na zloženie prísahy na Ukrajinu. Niektorí, najmä tí, ktorí v meste nemali vlastné domovy, boli nútení sa vzdať - inak im hrozilo, že ich jednoducho vyhodia na ulicu. Mimochodom, veliteľ práporu, kapitán 1. hodnosti Feoktistov, bol po prehliadke prevezený na kardiologické oddelenie miestnej nemocnice.
Provokácia proti 318. divízii záložných lodí je jedným z najznámejších, ale nie jediným takým trikom ukrajinských orgánov proti námorníkom - čiernomorským námorníkom. Ukrajinská armáda sa niekoľko rokov zaoberala psychologickým ošetrovaním vojenského personálu - dôstojníkov a práporčíkov Čiernomorskej flotily ukrajinskej národnosti, ktorých presvedčili hrozby a sľuby zložiť prísahu vernosti Ukrajine. Kyjev si bol dobre vedomý toho, že aj keby za sebou zanechal lode Čiernomorskej flotily, bolo by jednoducho nemožné ich obsluhovať bez kvalifikovaných špecialistov. Preto bol cieľ stanovený tak, aby bol čo najskôr dosiahnutý prechod do služby v ukrajinskom námorníctve v rámci kariérnej armády - dôstojníkov a práporčíkov Čiernomorskej flotily.
Veľkú úlohu pri zachovaní čiernomorskej flotily pre Rusko zohral jeho veliteľ v rokoch 1991-1992. Admirál Igor Vladimirovič Kasatonov. Je zaujímavé, že Igor Kasatonov bol, dalo by sa povedať, „dedičným“veliteľom čiernomorskej flotily - v rokoch 1955-1962. túto pozíciu zastával jeho otec, admirál Vladimir Afanasjevič Kasatonov. Preto Igor Kasatonov, ako nikto iný, nepoznal, miloval a oceňoval čiernomorskú flotilu a urobil všetko pre to, aby v najťažšom období 1991-1992. drž to pohromade. Bol to on, kto vydal rozkaz dôstojníkom a námorníkom flotily, aby nezložili prísahu vernosti Ukrajine.
Kasatonovovi sa podarilo nadviazať účinnú spoluprácu čiernomorských námorníkov s veteránskymi organizáciami a verejnosťou mesta Sevastopoľ a získať podporu tlače. Navyše prakticky nedostal podporu z Moskvy - Jeľcin a jeho sprievod v tom čase nemali čas na problémy čiernomorskej flotily, okrem toho sa Moskva usilovne snažila zlepšiť vzťahy so Západom a oslabenie ruského vplyvu v r. Čierne more, ako vieme, bolo vždy „zlatým snom“najskôr Britov a Francúzov a potom Američanov.
Ukrajine sa nakoniec podarilo lobovať za odvolanie admirála Kasatonova z postu veliteľa čiernomorskej flotily. V roku 1992 odstúpil, aj keď s povýšením-stal sa prvým zástupcom vrchného veliteľa ruského námorníctva (a túto funkciu zastával až do roku 1999, keď vo veku 60 rokov odišiel do dôchodku).
Viceadmirál Eduard Dmitrievich Baltin, vymenovaný novým veliteľom čiernomorskej flotily, však pokračoval v línii svojho predchodcu. Baltin sa čoskoro stal predmetom neustálych útokov ukrajinských nacionalistov, pre ktorých bolo postavenie admirála ako kosť v krku. Nakoniec sa Kyjevu v roku 1996 opäť podarilo dosiahnuť svoj cieľ - Jeľcin odvolal aj admirála Eduarda Baltina.
Iba 9. júna 1995 v Soči Boris Jeľcin a nový prezident Ukrajiny Leonid Kučma podpísali dohodu o rozdelení flotily. Námorné sily Ukrajiny a Čiernomorská flotila ruského námorníctva mali odteraz sídliť oddelene a otázky delenia majetku boli upravené na základe predtým dosiahnutých dohôd. Majetok flotily bol rozdelený na polovicu, ale 81,7% lodí bolo prevedených do Ruska a iba 18,3% lodí na Ukrajinu. Avšak ani s tými loďami, ktoré smerovali na ukrajinskú stranu, Kyjev nevedel, čo má robiť. Veľký počet lodí a plavidiel sa jednoducho predal do šrotu, pretože ukrajinské vedenie v tom čase nemalo materiálne kapacity na obsluhu vlastného námorníctva.
Dlhoročné spory a následné rozdelenie však mali mimoriadne negatívny vplyv na stav ruskej čiernomorskej flotily. Vo februári 1996 vtedajší náčelník štábu čiernomorskej flotily viceadmirál Pyotr Svyatashov vystúpil v Štátnej dume Ruskej federácie, v ktorej uviedol, že flotila je v extrémne oslabenom stave, pretože všetky úderné skupiny boli zničené. prakticky neexistujú plávajúce ponorky, námorné raketové letecké, hydrografické a spravodajské systémy.
V čase prejavu v Dume, ako priznal viceadmirál, bola ruská čiernomorská flotila schopná ovládať iba úzky úsek pri vchode do Sevastopola. Dokonca aj lode v službe, kvôli nedostatku paliva a opráv, boli nútené stáť na základni v Sevastopole. V skutočnosti kolaps ZSSR viedol k skutočnej katastrofe pre čiernomorskú flotilu. Iba v roku 2010. začala obnova čiernomorskej flotily ruského námorníctva a znovuzjednotenie Krymu s Ruskom dalo flotile skutočne nový nádych.
